OLIGO 是领先的引物分析软件,使用旨在为用户提供先进的技术和更多便捷的功能来完成各种分析操作。它是设计和分析测序和PCR引物、合成基因以及各种探针(包括siRNA和分子信标)的重要工具。您可以在分析窗口中显示各种有用的数据并进行准确的分析,从序列文件中搜索和选择寡核苷酸,用于聚合酶链式反应(PCR)、实时PCR和其他诊断应用、siRNA、测序、定点突变和各种杂交应用。
目录
Oligo 7 新功能
1、新界面
启动程序只显示一个但信息更多的窗口。Tm图显示了整个序列。图形显示最多4个(之前为2个)寡聚体的位置。该窗口还显示引物Tm、PCR产物、DNA(RNA)模板中的强环、寡聚体中的潜在环、回文、从注释中读取的特征以及其他数据。
2、新的热力学参数
Oligo 7实现了John SantaLucia(1,2)组装的统一近邻热力学。将合并单个失配和悬空端的值。这使熔化温度值的表达复杂化:Oligo报告标准熔化温度(没有失配和悬空端)为tm,失配和悬垂端为Tm
3、更多引物/探针选项
介绍了选择4种寡核苷酸进行分析的能力。Oligo 6只处理了2个。这样做是为了能够搜索TaqMan探针和嵌套引物集。Oligo还可以自动搜索分子信标和siRNA。添加了一系列用户可编辑的设计约束,因此您可以搜索具有特定碱基或序列的寡核苷酸。
4、新的搜索条件和整个搜索算法
Oligo 7在单个搜索过程中不再局限于固定长度的探针/引物。您现在可以为引物选择一系列长度。子搜索的数量增加了,所以你不仅可以限制3′-稳定性,还可以限制5′-末端的稳定性,以帮助siRNA的选择。此外,在模板中添加了对强发夹环的搜索。这本身不包括引物设计,但通过这种搜索,你可以避免难以扩增的区域。序列限制选项可以让你找到在3’和5’末端有特定碱基的引物。
还有一种选择是限制引物中鸟苷的数量,这大大提高了多路复用的可能性。
5、寡聚物和配对物的质量以单个数字进行评分
许多Oligo用户要求使用此选项,因为以这种方式找到最佳引物是微不足道的。不幸的是,不同的应用需要不同的方法,并强调引物/探针的不同参数或特征。这导致了一个相当复杂和用户可自定义的评分系统。然而,在大多数情况下,修改定义并不重要。
Oligo7.6 安装教程
- 本软件是在java环境下运行,先安装java软件,再安装Oligo
1、打开install,,安装java
2、安装setup
3、运行软件,运行tercel下的keygen,,复制Workstation Code到注册机,点击Generate,把生成的Access Code复制到激活界面,点击Confirm Code
4、enjoy