IT技术之家 行业软件 Cytoscape 3.10.3下载+cytoHubba cluepedia离线插件+安装教程【win+MAC+Linux】

Cytoscape 3.10.3下载+cytoHubba cluepedia离线插件+安装教程【win+MAC+Linux】

Cytoscape是一个开源软件平台,用于可视化分子相互作用网络和生物途径,并将这些网络与注释、基因表达谱和其他状态数据集成。Cytoscape核心发行版提供了一组用于数据集成、分析和可视化的基本功能。 应用程序可用于网络和分子分析、新布局、附加文件格式支持、脚本编写以及与数据库的连接。

Cytoscape

Cytoscape 3 新功能

支持多种标准

Cytoscape 支持许多标准网络和注释文件格式,包括:SIF(简单交互格式)、GML、 XGMML、BioPAX、 PSI-MI、 GraphML、 KGML(KEGG XML)、 SBML、OBO和Gene Association。还支持分隔文本文件和 MS Excel™ 工作簿,您可以导入数据文件,例如表达式配置文件或GO由其他应用程序或电子表格程序生成的注释。使用此功能,您可以加载和保存节点、边和网络上的任意属性。例如,为您的蛋白质输入一组自定义注释术语,为您的蛋白质-蛋白质相互作用创建一组置信值。

公共数据库客户端

Cytoscape 作为 Web 服务客户端运行。这意味着Cytoscape可以直接连接到外部公共数据库并导入网络和注释数据。目前,支持Pathway Commons、 IntAct、BioMart和NCBI Entrez Gene 。我们继续为流行数据库开发新的服务客户端。

互操作性

  • 由于 Cytoscape 支持导入/导出标准文件格式,因此您可以轻松地将 Cytoscape 放入您的工作流程中。例如,如果您有 igraph或 Bioconductor生成的网络数据,Cytoscape 可以将该文件作为文本表加载,您可以将其以 PSI-MI 格式导出以供其他生物信息学工具或您自己的应用程序/脚本使用。
  • 从版本 3.3 开始,Cytoscape 支持RESTful API进行编程访问。您可以使用您选择的编程语言来访问 Cytoscape 核心功能,例如创建网络、应用布局或图像导出。

可视化映射器

使用强大的 VisualStyles自定义网络数据显示。查看网络上基因表达比率和 p 值的叠加。 表达数据可以根据用户可配置的颜色和可视化方案映射到节点颜色、标签、边框粗细或边框颜色等。

筛选

过滤网络以根据当前数据选择节点和/或交互的子集。 例如,用户可以根据加载基因表达数据的 p 值,选择参与阈值数量的交互的节点、共享特定 GO 注释的节点、或者基因表达水平在一种或多种条件下显着变化的节点。您可以根据过滤结果创建新网络。

Cytoscape 3.10.3+插件安装教程

这里以windows安装为例

安装 Cytoscape

1、下载解压

  • windows安装包:Cytoscape_3_10_3_windows_64bit.exe
  • Linux安装包:cytoscape-unix-3.10.3.tar.gz
  • mac安装包:Cytoscape_3_10_3_macos_x64.dmg

2、安装java17,这两个也要选上

2、安装Cytoscape_3_10_3_windows_64bit

3、安装成功

安装插件

  • 确保主程序已经正确安装
  • 复制插件到主程序安装路径下的【apps】目录即可,windows默认是:C:\Program Files\Cytoscape_v3.10.3\apps
  • Linux目录是:cytoscape目录下的/apps/installed/
  • 运行软件,点击APPS 即可使用

相关文件下载

Cytoscape 3.10.3下载

夸克网盘:点此下载
百度网盘:点此下载 

cytoHubba cluepedia离线插件下载

包含258个最新离线插件【2024年12月18日更新】

注:本站统一解压密码为www.ittel.cn

1、如果您发现本站资源已经失效或无法下载可以评论留言反馈
2、本站提供的软件均为 “试用版” 或者 “免费版”,仅供学习和研究使用
3、友情提醒:内容全部来自网络,安装教程参照压缩包内的Readme.txt编写
4、如有内容不慎侵犯了您的权益,请速与我联系!
如有转载请注明出处:https://www.ittel.cn/archives/45646.html
guest
0 评论
内联反馈
查看所有评论
联系我们

联系我们

QQ:877196754

在线咨询: QQ交谈

邮箱: 877196754@qq.com

工作时间:周一至周日,8:00-21:00
关注微信
微信扫一扫关注我们

微信扫一扫关注我们

返回顶部