一、全新独立工具（核心新增）

1. 肿瘤融合基因分析

• 支持从 DNA 测序数据（WGS/WES/ 捕获）直接检测基因融合，不再仅依赖 RNA-seq
• 配套新导出工具：Fusion plots graphics exporter，一键批量导出全部融合基因可视化图
• VCF 导出大幅优化：可一次性导出多条融合 track，超大融合数据集导出速度提升数倍QIAGEN Dig…

2. 序列属性批量管理

1. Update Sequence Attributes

   批量更新序列、序列列表、多序列比对、进化树内所有序列的自定义属性；表格视图底部新增「Add Attributes」快捷按钮，支持交互式编辑元数据。

2. Download Taxonomy

   一键下载 NCBI 完整 7 级分类学信息，自动挂载到序列分类属性，适配微生物 / 宏基因组溯源。

3. Filter Based on Name

   新增按序列名称模糊 / 精确筛选工具，快速批量提取目标序列子集。

3. 合成生物学专用工具

4. 基序挖掘工具

二、Workflow 工作流系统重大升级（v26 核心亮点）

1. 新增分支逻辑组件：Branch on Item Count

   根据样本数量、文件条数自动分流流程，实现条件式自动化分析（如样本过少跳过统计、多样本自动分组），替代传统多套独立流程。

2. 流程可视化增强

   选中任意工具，自动高亮上下游全部关联路径，复杂流水线快速排查断点；编辑器新增分组折叠功能，超长流程分层管理。

3. 流程安装兼容优化

   分享的流程安装时，缺失模块 / 工具不再直接报错退出，可选择性跳过无依赖步骤，跨实验室协作更友好。

4. 内置模板流程更新
   • WGS/WES 预制流程自动新增去重步骤，符合临床肿瘤测序标准；
   • 小鼠 / 大鼠 RNA-seq 流程统一归类至独立文件夹，一键切换参考基因组；
   • QIAseq 靶向测序流程优化扩增子覆盖度统计规则。

   

三、长读长测序（ONT/PacBio）全面优化

1. Map Long Reads to Reference 新增参考序列屏蔽（Reference masking）

   对重复区、病毒序列、诱饵序列提前屏蔽，降低长读长错配，提升 SV、结构变异检测准确度。

2. SAM/BAM/CRAM 导出新增第三方兼容模式

   输出格式标准化，完美兼容 IGV、GATK、Delly 等外部软件，减少格式转换损耗。

3. 长读组装、SV 检测内存占用优化，超大人类基因组组装稳定性提升。

四、微生物基因组模块重磅更新（cgMLST 完整套件）

1. Download Large MLST Scheme：直接拉取 PubMLST 数据库 cgMLST、eMLST、传统 7 基因 MLST 方案；
2. Import Large MLST Scheme：导入本地 TSV+Fasta 格式自定义 MLST 数据库；
3. Create Large MLST Scheme（Beta）：基于 CDS 注释自建全基因组 MLST 分型库；
4. Type With Large MLST Scheme（Beta）：reads / 组装序列批量分型，识别已知 / 新等位基因；
5. Add Typing Results To Large MLST Scheme：分型结果回写扩充分型数据库。

   配套可视化：最小生成树 MST、分型热图联动展示菌株进化关系QIAGEN Dig…。

五、序列比对与性能提升

1. 原生内置 MAFFT 多序列比对器，替代旧版比对算法，同源序列比对精度与速度大幅提升；
2. 本地 BLAST 多核并行优化，批量比对速度提升 30%~60%；
3. 多序列比对界面 HiDPI 高分屏显示修复，注释标签无遮挡。

六、单细胞模块改进（Single Cell Analysis Module 26）

1. 百万级细胞 UMAP / 降维图编辑、聚类保存无崩溃；
2. 单细胞 RNA 速度（Velocity）动力学模型矩阵计算报错修复；
3. 差异表达、差异染色质开放区域分组对比逻辑优化，单细胞分组可正常统计；
4. TCR 免疫组库导入兼容更多测序输出格式。

七、临床 / 液体活检配套更新

1. 完善 Twist、QIAseq 捕获 panel 专用长读长遗传变异自动化流程；
2. RNA-seq 差异表达工具整合原靶向 RNA 差异分析功能，不再依赖独立插件；
3. 融合基因、CNV、TMB 输出报告字段标准化，适配临床送检报告模板。